« La République assure la liberté de conscience. Elle garantit le libre exercice des cultes (…) La République ne reconnaît, ne salarie ni ne subventionne aucun culte » : c’est par ces mots que s’ouvre la célèbre loi du 9 décembre 1905 concernant la séparation des Églises et de l’État. Cette loi met fin au régime concordataire mis en place par Napoléon Bonaparte en 1802, qui reconnaissait le catholicisme comme « religion de la grande majorité des citoyens français » et imposait la nomination par le gouvernement des ministres des différents cultes (catholique, réformé, luthérien, israélite). Le Concordat abolissait ainsi la première séparation des cultes et de l’État mise en place en 1794 par la Convention nationale.

Le XIXe siècle est marqué par des luttes entre pratique religieuse affirmée et un anticléricalisme de plus en plus assumé, porté en particulier dans les courants républicains. Le débat dépasse la question de la liberté individuelle de conscience : c’est désormais l’influence des religions (en particulier le catholicisme) et leur poids politique sur la conduite des affaires publiques qui est en jeu.

C’est dans ce contexte que la 3^e République fait ses débuts, à partir de 1870. Elle met en place une série de lois de sécularisation : laïcisation des hôpitaux et cimetières (1881), suppression des prières publiques, ré-autorisation du divorce (1884)… L’affaire Dreyfus, qui explose en 1898, conduit à un regain d’anticléricalisme auprès d’une partie de la population et polarise durablement les débats.

D’autres lois importantes s’inscrivent dans ce contexte de laïcisation de la société : en 1901, la loi sur le contrat d’association prévoit un cadre spécifique pour les congrégations religieuses, qui finissent par être purement et simplement interdites à partir de 1903 et 1904 ; et en 1904, la loi sur la suppression de l’enseignement congrégationniste entend limiter l’influence de ces dernières sur l’éducation des enfants.

La loi de séparation des Églises et de l’État du 9 décembre 1905 est la suite logique de cet enchaînement. Elle est votée dans un climat de tension politique extrême, clivant durablement les débats. Elle proclame la neutralité de l’État face aux cultes en mettant fin à la notion de « culte reconnu » introduite par le Concordat de 1802. Elle fait des différentes Églises des associations de droit privé, libres d’administrer leurs biens et de rémunérer leurs ministres sans intervention de l’État ; mais elle les prive également de toute forme de subvention publique. La loi rappelle également que les biens mobiliers et immobiliers datant d’avant la Révolution appartiennent aux communes ou à l’État, et que leur entretien leur incombe.

La loi de 1905 est toujours en vigueur aujourd’hui en France, sauf dans certains territoires : les départements de Moselle, du Bas-Rhin et du Haut-Rhin, rattachés à la France en 1918 et ayant souhaité conserver le régime concordataire, ainsi que la Guyane, la Polynésie française, Wallis-et-Futuna, Saint-Pierre-et-Miquelon, la Nouvelle-Calédonie et Mayotte.